通常会厌囊肿造成的感觉是咽部异物感，觉得嗓子里面总有东西不上不下。如果会厌囊肿增大，患者还会有吞咽梗阻感，觉得咽东西时不顺畅，总有东西挡在咽喉部。
此时需与单纯慢性咽喉炎进行鉴别，如果服用治疗慢性咽喉炎的药，咽部异物感或者梗阻感不消失，可能要考虑手术治疗。严重的会厌囊肿，囊肿如果长得比较大，堵在喉咙里时，患者还会出现呼吸困难伴发急性感染。
一旦出现会厌囊肿合并急性感染，会厌囊肿会突然长得很大，像小水球一样堵在喉咙口。严重时会出现呼吸困难，甚至是窒息。此时需要医生及时把会厌囊肿夹破，让脓液或者水性液体排出，并使会厌囊肿体积缩小，缓解喉部梗阻症状，此为非常危险的情况。
大部分会厌囊肿只会有咽部异物感的症状，如果药物治疗无效，则需要进行手术切除去改善咽喉部异物感、有东西堵、吞咽不顺畅的症状。
