腓总神经损伤的治疗在早期要尽快进行神经探查修复手术，术后要积极辅助使用消炎、消肿、止痛以及营养神经、抗感染的药物进行治疗。在此基础上，可进行辅助的针灸、物理治疗以及推拿或高压氧治疗等。通过治疗，腓总神经损伤的症状得到改善或者治愈，则不需要二次治疗。

如果腓总神经损伤较重，通过上述治疗效果不明显，可以进行二期神经探查修复手术。同时在此期间，也要进行消炎镇痛、营养神经、高压氧等治疗。针对无法恢复的腓总神经损伤，会遗留有小腿前侧肌肉萎缩或者瘫痪症状。这种情况下，可以进行踝关节的融合手术，保证患者不会出现足部长期下垂，对患者下地负重活动有一定帮助。