服用紧急避孕药有很大可能会导致月经紊乱，紧急避孕药是高效的孕激素，应用1次即停服后，激素水平会下降，会出现撤退性出血。撤退性出血出现之后会影响女性月经的来潮，月经周期被打乱，部分患者可能服用1-2次，2-3个月后月经周期才会重新建立。因此紧急避孕药不是正规的避孕方式，可能会导致月经紊乱，尤其本身月经周期不是非常规律的女性，服药后更容易导致月经紊乱。
服用紧急避孕药除导致月经紊乱，还有可能导致避孕失败，包括增加宫外孕发生的机会，所以不推荐应用紧急避孕药。推荐服用的避孕药是短效口服避孕药，不会导致月经紊乱。相反，短效口服避孕药可以治疗月经紊乱，治疗异常出血，使月经更加规律。
