室间隔缺损修补手术后的后遗症现在发生率已经非常低，基本上不到1%，但是偶尔有手术后的患者可能会发生，比如房室传导阻滞。另外，因为修补室间隔缺损，缺损周围能会出现一个残余瘘。

还有室间隔缺损修补之后不同位置的室间隔缺损，比如干下型室缺修补，本身手术之前可能会出现主动脉瓣反流，修补之后有可能反流依然存在，甚至远期主动脉瓣反流会加重。如果缺损在三尖瓣，修补完室缺之后有可能补片牵拉三尖瓣，可能会出现一定反流，远期三尖瓣反流可能会加重。