孕酮低流产不一定影响下一胎，需要结合流产原因具体分析，引起流产的原因包括胎儿因素、母体因素、父亲因素以及环境因素等。如果胎儿染色体发生异常，可能是偶发性，如此次受精卵分裂时出现染色体错配、异位等，胎儿染色体畸形，则无法继续发育，会引发流产。如果这种情况是父母双方有染色体异常，再次发生胎儿染色体异常导致的流产，几率相对较大。
母体因素包括内分泌功能异常，如黄体功能不全、高泌乳素血症、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退等，或母体糖尿病没有得到有效控制。如果此次流产之后，这些情况仍未得到有效治疗和控制，可能会影响下一胎发育。还有部分母体免疫性的因素也会导致复发性流产，需进行相关的免疫学检查，看有无免疫学因素，如果有则要进行相应处理。另外父亲精子染色体的异常，也会导致流产，所以父亲方面的检查也不能缺少。
