血清阴性脊柱关节炎最常见的症状是腰背痛，多数患者在40岁以前就可以发病。反复发作的腰疼，间歇性或两侧交替出现臀部坐骨等处的酸痛，早期常有大腿根部疼痛、下肢不适、僵硬，逐渐发展到背痛、胸痛、颈部疼痛。这种疼痛在休息时往往更为明显，翻身时常可以痛醒，严重时可以影响睡眠等正常的生理活动。清晨起床时，腰背部的疼痛往往会明显地加重，而且僵硬，在活动时会明显改善。

晨僵持续的时间和病情轻重有关，轻者数分钟就可以缓解，但是重者持续时间可以长达数小时，甚至整个全天。晚期会出现脊柱的强直、驼背、不能弯腰、头部活动明显受限，严重的患者仅能看到自己足尖一小片的地方，而且不能抬头平视，这是最典型的强直性脊柱炎的症状。年轻人的脊柱关节炎会先出现单侧的足踝、足跟或膝关节的疼痛，经过数年后才会发展到腰背部的症状，极易被误诊成其他类型的关节炎而延误治疗。脊柱关节炎还会影响到全身，常会伴随着银屑病的皮疹、溢脓样的皮肤角化，包括结节性红斑、眼睛的结膜炎、葡萄膜炎，还可以出现口腔溃疡、肠炎，甚至龟头炎等表现。