预防宫颈癌的疫苗主要是分为四大类，其中三类是进口疫苗，一类是国产疫苗。多数疫苗并没有特别明显的副作用，但在注射后部分患者可能会出现局部皮肤的红肿、硬结、压痛。部分患者可伴随全身的症状，如发热、寒战，少别患者可能有皮疹类病变，极少数患者可能因为注射宫颈癌疫苗，而出现相应的消化道反应、不适症状，如恶心、呕吐等。
但很显然上述的不良反应，绝大多数不需要给予任何处理，与注射宫颈癌疫苗得到的益处相比，不良反应可以忍受。所以截止到目前为止，多数国家地区并无由于不良反应，而绝对禁止疫苗的注射，但目前注射疫苗的时间并不长，历史很短，所以在未来可能10-30年后是否有其他的不良反应，目前还在观察中。
