支原体感染，通常采用的治疗方案是以抗生素治疗为主的药物治疗。抗生素通常根据经验选择，也可以根据药敏的结果进行选用，比较有效和常用的有红霉素类、大环内酯类，如克林霉素等，以及氟喹诺酮类的抗生素，这些药物对于治疗均有一定的效果。
支原体包括人型支原体、肺炎支原体、解脲支原体，这几类支原体有时会在正常男性、女性的生殖道进行聚集，而有时不引起临床症状。对于临床实验室检查明确支原体感染的患者，而且伴随明显的临床症状，如尿频、尿急、尿痛，或者尿道分泌物，白带增多、阴道瘙痒等临床的表现，考虑在实验室的检查明确后，采用上述的药物治疗。
因为支原体感染可以引起男性的泌尿生殖道的临床症状，并且对于精子以及对于女性的生育具有一定的影响，因此若发现，需及时在专科医院进行正规的治疗。
