辅酶Q10最常见的副作用主要是胃肠道反应，比如有些人吃了以后会觉得腹胀、腹部不适、腹部有烧灼感或者有恶心等症状，还有一些患者会出现皮肤瘙痒、过敏性红斑。有一些患者吃了以后会起全身的皮疹，这些考虑是对辅酶Q10的成分过敏。
辅酶Q10主要是用于心肌保护，肝炎患者、癌症综合征患者，在临床中诊断了病毒性心肌炎，或者是心功能衰竭的患者，可能会给予口服辅酶Q10以保护心肌。对于有慢性肝炎、还有病毒性肝炎、慢性活动性肝炎的患者也会给予口服辅酶Q10，癌症综合征患者会给予口服辅酶Q10来减少癌性疼痛，同时也会减少癌症对心脏的损伤，保护心肌，给心肌提供能量。
辅酶Q10具有轻微的降血糖作用，所以对于正在服用降糖药物的患者，要注意监测血糖，还有轻微的抗凝作用，对于正在服用抗凝药物的人，要注意监测凝血功能，对于严重肝肾功能不全的患者要慎用，儿童、哺乳期妇女、孕妇禁用。
