结核病往往起病比较隐匿，早期容易被忽略。所以要想及时发现结核病，首先要学会自查，有了自查的能力，才能及时主动去医院就诊。对于不明原因的咳嗽、咳痰持续2周以上，就应该高度怀疑是不是得了肺结核，要主动去医院进行检查。诊断结核病需要进行影像学检查以及DR胸片，即平片或肺CT，有条件的患者尽量做肺CT。因为DR片是前后扫，有前后重叠，可能会漏掉小的病灶，例如无法发现心脏后边的病灶。如果做了肺CT没有发现异常，就不考虑肺结核；如果肺CT发现了可疑阴影，就要进行下一步检查。肺结核诊断的金标准，即百分之百能确诊，没有任何疑问的检查方法是痰中或肺泡灌洗液中查到结核分枝杆菌。
所以怀疑得了肺结核的患者查痰非常重要，往往需要反复查痰。没有痰的患者应进行纤维支气管镜检查，以取得肺泡灌洗液。肺泡灌洗液其实是通过纤维支气管镜，注入盐水，在支气管腔里涮洗一下，然后用涮洗之后液体检查结核分枝杆菌，同时经过纤维支气管镜还可以取得病变组织，进行病理活检并用于诊断。
其实对于带菌量比较小的患者，有相当一部分患者经过了上述手段仍然查不到结核菌，则需进行免疫学和分子生物学检测。目前比较常用的方法有结核菌素试验、结核抗原抗体检测、结核菌感染T细胞斑点试验、结核分枝杆菌核酸的检测等。如果这几项检查有可疑症状，影像学又发现了可疑阴影，上述几项检查有阳性表现，临床上就可以做出菌阴肺结核的诊断，并可以通过诊断性抗结核治疗进行进一步明确。