怀孕后查出甲减要进行药物治疗，因为甲减在孕早期，即12周以前会影响胎儿的神经发育，也就是对胎儿的智力，包括生长发育都会造成影响，所以一定要及时用药。

孕期不是一切药都不能用，甲状腺功能异常，尤其是甲减会影响子代的发育。如果怀孕后查出甲减，在孕早期及时干预，后期较好，如果到怀孕中后期再干预，可能比较晚，可能对胎儿的智力，包括产后的风险会有影响。

所以怀孕后查出甲减要尽早治疗，如果是很严重的甲减，可能生出来呆小症的小孩。所以建议在怀孕前常规查甲状腺功能，对后代以及整个孕妇的产期都有利。