脑干出血造成的功能损伤包括了生命体征不稳定、呼吸功能不好，呼吸可能会停止或者微弱，在这样前提下所有的损伤大的或者要求麻醉配合高的手术已经不适合了。
脑干出血大部分采取穿刺手术，脑室穿刺引流脑积液缓解颅内高压，和在立体定向精准的定位下进行血肿穿刺，患者必须是生命体征平稳的前提下才能有这样的手术时机。对于部分出血原因未明的脑干出血，上述两种方法只是针对血肿清除或脑积液引流，而没能进行病因的治疗，这部分病人有可能会二次出血。