十二指肠间质瘤的治疗方法，是首选药物治疗，还是首选手术治疗，手术如何进行，需要根据具体情况而定。若已经确诊为十二指肠间质瘤，相对较有针对性，效果较好的特异性药物，以甲磺酸伊马替尼为代表。确诊后可以采取药物治疗，缩小肿瘤。
若未确定是十二指肠间质瘤，但是是肿瘤就可以采取手术方法。根据间质瘤长在十二指肠的部位不同，手术方式有所不同，可能相对较小，亦可进行腹部手术，最大手术之一为胰十二指肠手术。
十二指肠是较重要结构，因为胃液、胆汁、胆管，以及胰腺的胰管、胰液，均会通十二指肠，所以是三江交汇部位。若间质瘤长在交汇口部位，手术会较复杂，需要完整将间质瘤切除，则需要切除部分十二指肠、胰腺、胆管，再进行重建。
若长在离十二指肠乳头开口部位较远部位，手术可能只需要将肿瘤，这一小段肠管切除即可。
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