核磁共振可以确诊肝囊肿，核磁共振是目前判断肝脏占位性疾病最为灵敏、最为特异的一种影像学检查方法。肝囊肿属于一种良性的病变，内部为液体，在核磁共振上，T2项可以表现为非常亮的一种圆形或类圆形的病灶，可以很清楚地进行确诊。而部分实性或性质不明的病灶，可以通过打造影剂、对比增强剂，在核磁共振上进一步来确诊病灶的性质。
肝脏占位性疾病包括有肝囊肿、肝脏的良性肿瘤、肝脏的恶性肿瘤，以及某些转移到肝脏或是压迫肝脏的腹腔内的疾病，都可以通过核磁共振来确诊。核磁共振还可以判断肝内胆管以及肝外胆管的走行情况，是否有梗阻，是否有引起胆管狭窄、扩张的病因，包括结石、肿瘤等，配合增强造影剂，可以进一步确诊肝脏、胆道疾病的性质。
