肠镜简单来讲就是从肛门进镜，经过相关操作使肠镜头端达到大肠和小肠交汇部，俗称回盲瓣，进入到末端回肠。从末端回肠开始逐步缓慢推进，推进过程中观察肠道黏膜相关变化，包括黏膜色泽、黏膜下血管走行及黏膜表面红斑、隆起、新生物等。

肠道检查要求退慢，逐步往后退，肠道当中有很多结肠袋，结肠袋背后都不易观察，所以在检查过程中通常会往返，重复简单过程，目的是为提高肠镜下病变检出率。