巧克力囊肿复发率较高，复发后要根据症状、年纪、生育要求选择不同的治疗方法 。如果复发囊肿较小、没有其他症状，且无生育要求，可以使用孕激素药物维持低水平激素，使子宫内膜不随月经周期波动，从而达到治疗目的。服用药物需要2-5年，部分患者复发囊肿较小，服药后可以完全消退。如有生育要求，需要到生殖科医生处就诊，评估目前的卵巢功能，查看是否需要助孕以及用何方法。对于有生育要求的患者，生育是最大的问题。
巧克力囊肿与卵巢连接较密，剥除卵巢囊肿时，可能会损伤卵巢组织，反复手术对卵巢损伤较大，所以要尽量避免二次巧克力囊肿手术。巧克力囊肿术后，通常需要辅助药物治疗，常见的药物是GnRH-a(促性腺激素释放激素激动剂)类药物，可以抑制性腺轴，使巧克力囊肿复发减少。但是GnRH-a类药物只能服用3-6个月，否则会产生其他副作用。服用GnRHa类药物后，可以加服用其他药物如短效避孕药，使激素水平波动不明显，从而减少巧克力囊肿复发。也可以使用孕激素药，预防效果较好，可服用时间较长。
