颅骨修补后脑功能反而变差的原因如下：
1、多数原因是颅骨修补前医生未进行准确的评估，如颅骨缺损处的塌陷、膨出、有无脑积水等；
2、颅骨修补术后是否会再引起积水，有无颅骨修补后局部的一些脑组织的损伤，引起脑功能神经缺失。
所以颅骨修补术后脑功能反而变差，归结起来是与术前有没有脑积水，手术后脑积水会不会加重，手术后会不会引起局部脑功能的再缺失等因素有关。