甲亢患者在治疗甲亢的过程中，抗体水平就会逐渐有所回落，但通常难以恢复到正常。甲亢如果是由于自身免疫导致，通常是患者存在自身免疫性的甲状腺疾病，尤其是较常见的格雷夫斯病。
格雷夫斯病患者体内存在促甲状腺激素受体抗体，这些抗体水平在患者病情没有控制时较高，随着口服抗甲状腺药物的治疗，甲状腺功能逐渐恢复到正常，患者的抗体水平可能会逐渐下降。另外，有些患者在使用碘-131治疗甲亢或者手术治疗甲亢时，抗体水平也会逐渐出现回落。
甲亢患者体内通常还会存在甲状腺过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体，这也都是自身免疫的一种表现，这种自身免疫的表现通常并不会随着甲亢的治疗好转而完全消失。所以要客观地对待抗体的水平，抗体水平的存在只是提示一个发病机制的存在。
在平时主要还是监测甲状腺的功能，最主要的目标是要将甲状腺功能控制在正常范围之内。因为甲亢患者如果T3、T4永远处于一个高水平，对机体会造成各个系统的损害，有些患者甚至会由于一些心脏问题，导致一些不良情况发生。
