肾囊肿往往是由膨大的肾小管憩室组成，肾囊肿一般不会引起腰痛，但是在有些特殊情况下也会引起腰痛。肾囊肿出现后就会逐渐的增大，增大到一定程度可能会引起腰痛。

肾脏是内部的器官，内脏器官感受不到疼痛，只有在肾脏的包膜受到牵拉或者肾盂受到累及时才会感觉到疼痛。如果囊肿不断的增大，牵拉到包膜之后，病人就会感觉到肾区疼痛。

另外，如果囊肿内有出血、感染等情况，这些也会刺激到肾脏包膜，引起肾脏肾区疼痛。如果囊肿向内生长，有可能就会刺激到肾盂，刺激到肾盂时也会感觉到肾脏的疼痛。

此外还是要明确囊肿的数量，如果单肾超过3个，通常情况下就要给予关注。如果大小超过5cm，就会影响到肾脏的包膜或者肾盂，有可能引起肾脏的局部疼痛。如果囊肿是向外生长，也会刺激到肾脏的包膜，如果向内生长，就有可能刺激到肾盂，也会引起肾脏的疼痛。

所以肾囊肿一般不会疼痛，但是在刺激到肾脏的包膜、肾盂或者囊肿合并感染、出血时，也会出现肾区的胀痛、不舒服等症状。