室间隔缺损的小孩寿命不一定短，小孩出生后发现较小室间隔缺损或膜周部、肌部室间隔缺损，无需过度紧张。室间隔缺损可以随年龄增长，具有自愈倾向，只要定期观察即可。若小孩已经在2.5岁以上，室间隔缺损仍然在5mm以上，可以进行室间隔缺损介入封堵手术或开胸进行室间隔修补手术，经过手术后患者生活、活动可以与健康小孩一样。
此外，对于室间隔缺损的小孩，本身合并其他器质性疾病或者免疫功能较低，反复出现肺炎或呼吸衰竭等情况，严重者可能出现生命危险。若室间隔缺损一直未被发现、未明确诊断，且室间隔缺损较大，则对血流动力学影响较明显，后期出现继发性右向左分流，甚至出现艾森曼格综合征，出现心大、心衰等症状，此类室间隔缺损预后较差。
