克罗恩的病理表现比较复杂，有几个典型病理表现：
1、裂性样溃疡，这种裂性样的溃疡像沟壑一样从肠道黏膜层深达肠道肌层，表现为像一个沟壑，因此叫裂性样的溃疡；
2、透壁炎症，炎症可以从黏膜层累及黏膜下层，甚至黏膜肌层，一直到浆膜层；
3、非干酪样肉芽肿，与结核鉴别，结核常常表现为干酪样肉芽肿，而克罗恩病表现为非干酪样肉芽肿；
4、克罗恩病的典型表现是幽门有化生。
除了这四种常见的典型特征以外，还有其它非特异性表现，如隐窝炎、隐窝脓肿、浆细胞以及淋巴细胞浸润，这些都是非特异性表现。因此单凭肠道病理表现并不能诊断克罗恩病，还要结合临床常见表现来共同诊断。
