克罗恩病患者需要长期服药，因为克罗恩病本身是一种自身免疫性疾病，常常迁延不愈，需要长期服药控制。克罗恩病常用的药物有5-氨基水杨酸制剂，这种制剂可以长期服用，能够抑制肠道免疫，减轻炎症发生。另外一个常用到的是糖皮质激素，如强的松、氢化可的松，这种药物主要用于急性期治疗。

在慢性期还要用到另外一个很重要的药物，即免疫抑制剂，免疫抑制剂主要是指硫唑嘌呤或环孢素，免疫抑制剂的长期维持治疗，对克罗恩病有很好的疗效。另外一种很重要的药物就是生物制剂，生物制剂主要是免疫调节剂，能够长期应用。在这些免疫抑制剂长期应用的过程中，要注意避免感染，同时监测肿瘤的发生。