肝胆管细胞癌起源于胆管细胞，是原发性肝癌的少见类型。90%原发性肝癌起源于肝细胞，只有5%左右原发性肝癌起源于胆管上皮细胞。虽然都属于原发性肝癌，但疾病背景有一定差别，通常起源于肝细胞的原发性肝癌患者之前有慢性肝炎、肝硬化等病史，如过去有慢性乙肝，在慢性乙肝基础上发展到肝硬化，最后发生肝癌。
胆管细胞癌起源于胆管上皮细胞，在发病前通常有肝内胆管结石、肝内胆管寄生虫病，或慢性胆管炎等慢性胆道系统损伤疾病，在此基础上通常发生肝内胆管细胞癌。上述疾病在治疗预后上有所差别，肝胆管细胞癌患者在手术切除后，化疗效果不如肝细胞性肝癌。
