治疗灰指甲的最佳时间原则上是越早越好，灰指甲是由皮肤癣菌等致病真菌感染甲板所引起的一种常见的指甲病变，早期可能只是造成指甲部分破损。时间长了，一方面可以引起全甲受损，还可以累及到多个指甲，所以一般治疗原则是越早越好。

早期如果指甲病变不严重，主要使用外用药物治疗，如阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺搽剂等，都能够有效地杀灭甲板内的一些致病真菌，起到很好的效果。如果已经到了后期，病情发展很严重，此时就必须使用一些内服抗真菌药物进行治疗，如伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑等。

这些药物虽然很安全有效，但是毕竟内服需要很长时间，一般需要几个月，有潜在的引起肝肾毒性风险。尤其是对一些年龄比较大，或者是合并一些系统性疾病，包括慢性肝病、肾病、心血管疾病等，使用内服药物的安全性还是需要考虑。

所以综合以上情况来看，最好在灰指甲早期就进行治疗，越早越好，否则到后期可能因为一些基础状况，而影响到治疗效果。