孕39周羊水较多，也无法除外胎儿存在畸形的情况，但相对胎儿畸形的风险会比较低，孕39周羊水较多需要考虑以下情况：
胎儿畸形出现羊水多，最常见的就是消化系统畸形，如消化系统闭锁包括食道闭锁、肠道闭锁等，都可能会引起羊水过多。晚孕期可能有食道闭锁、气管食管瘘，它有很多的类型，其中有些类型在中孕期时不能发现，胃泡有时候还是一直存在，可能仅表现为在晚孕期时羊水过多。
羊水多还见于胎儿的染色体的畸形，如果是在中孕期发现，需要做染色体的相应的检查，可以做羊水穿刺，做产前诊断。还有像孕妇的血糖高，血糖高也会引起羊水过多，可以检查孕妇的血糖，做糖耐量试验就可以明确是否为这个原因引起。
除了以上这些情况，还有一些羊水多是特发性的，找不到明确的原因，也会表现为羊水过多，这种情况下观察就可以。
