反流性食管炎的治疗周期一般是4-8周，治疗4-8周之后就建议患者停药。如果停药以后症状消失，不再反复就认为是治愈。但停药以后，患者的症状再反复，建议做胃镜再评估。
通常反流性食管炎的患者，有1/3左右会合并有食管裂孔疝。食管裂孔疝是食管下端肌肉松弛所造成的胃沿着胸腔上移，食管裂孔疝所造成的反流是机械性解剖结构改变，通常通过服药不能够根本上控制反流性食管炎。由于食道裂孔疝造成的反流性食管炎患者，通常在停药之后会出现复发，服药之后又出现改善的情况，此时建议采用微创手术的方法修补食管裂孔疝，从根本上达到抗反流的效果。
因为长期服药，对肝肾功能都有损害，而且有可能造成其他的副作用，比如嗜睡、食欲减弱。因此，不建议患者长期服药治疗，一般治疗周期是4-8周。
