乙脑的传染源主要是猪，因为猪的感染率极高，病毒载量也很大，病毒血症持续的时间长。乙脑病毒在猪之间的传染，常早于人之间传染1-2个月，所以监测猪的感染率，有助于监测人群的流行趋势。

乙脑是一种人畜共患的传染病，属于蚊类媒介传播的自然疫源性疾病，通过蚊子叮咬而传播，构成猪到蚊，再到猪，或猪蚊再到人的传播环节。未感染过乙型脑炎病毒者，普遍容易受到感染，但大多数为隐性感染，发病者以轻型或普通型居多，存在持久的感染后免疫，因为婴儿可以获得胎传抗体，成人常经历隐性感染而获得免疫力，所以发病者多为2-6岁的儿童。乙脑起病较急，在起病初期的1-3天是疾病的初期，体温在1-2天升至39-40℃，伴随疲倦、嗜睡、头疼、纳差、恶心、呕吐，易和上呼吸道感染发生混淆。

在乙脑流行季节，遇到急性起病，发热、嗜睡、头疼、呕吐等，而没有明显的上呼吸道感染的征象者，应警惕乙脑，少数患者可以出现神志淡漠、颈项僵直。在病程4-10天时，初期症状加重，脑实质损伤症状便会凸显。由于高热、抽搐和呼吸衰竭，是急期的严重表现，而且三者常相互影响，且呼吸衰竭是主要的死因。上述症状日趋好转，部分患者便可有恢复期的症状，比如持续低热、失语、流口水、多汗、面瘫、肢体硬瘫、肢体不自主运动、癫痫发作等，一般患者于2周左右，便会完全恢复，重型患者可能需1-6个月的时间逐渐恢复。如果超过6个月，仍未完全恢复者，便进入到后遗症期。约5%-20%的重型患者存在后遗症，主要为意识障碍、失语、瘫痪、癫痫、精神障碍等，经过治疗后，可有不同程度的恢复，但癫痫有时会持续终生。