电子胃镜对大部分病人的身体几乎没有太大影响。电子胃镜分普通胃镜和麻醉胃镜两种情况，如果是麻醉胃镜，需要麻醉师给一些麻醉药物，病人做胃镜前是处于睡觉的状态，所有的过程都是医生来掌握，病人几乎没有任何感觉。直到胃镜做完，麻药反应消失，这个过程也就结束了，病人几乎没有什么不适感。但也有少部分病人由于麻醉的反应，可能做完后会有点麻醉后的效应，比如头晕。所以如果是做麻醉胃镜，会需要家属陪同，在做完胃镜后需要搀扶病人在安全的地方休息，另外也不能开车。

普通胃镜也不是绝对不麻醉，医生会让病人喝一点口服的麻醉药，其实也能缓解病人的不适感。这种不适感主要是在嗓子的部位有点刺激的感觉，有点恶心、想吐。但是这时病人应该配合医生，只要把嗓门增大，不要与医生的动作抵抗，只要过了咽喉部，不适感就会明显减轻。一般医生如果发现有可疑的情况或者病灶，也会取病理活检，就是取一点点组织进行后面的检查，做活检一般也不会造成病人的疼痛。

有极个别可能会造成胃穿孔，这是最严重的情况。但发生这种情况的几率非常非常低，也不用过于担心。