新生儿房间隔缺损3mm是否能自愈，存在一些个体差异，绝大部分新生儿可以自愈，有部分新生儿可能不能自愈。临床上面看到过没出满月的新生儿到医院看病，房间隔缺损2-3mm，等到4-5岁来看的时候此缺损还在，且依然是2-3mm，甚至于还变成4-5mm，所以有个体差异，不过绝大部分会自愈，只有少部分不自愈。

1、会自愈：如果是继发的房间隔缺损3mm，此情况下不需要治疗，不会有什么症状，同时也不会对新生儿造成过多损害，一般不需要干预，所以家长不要过多焦虑；

2、不会自愈：如果房间隔缺损3mm是一个一孔的房间隔缺损，也叫做原发孔的房间隔缺损，此情况下不会自愈，这些新生儿可能还会合并有别的问题，如合并有二尖瓣、三尖瓣的问题，合并有传导性的问题等，要交给专业的大夫判断，看具体怎么处理。

所以总的来说，若是二孔的房间隔缺损3mm，绝大部分可以自愈，即使不自愈，也不需要给予过多的干预。但是如果是一孔的房间隔缺损3mm，则要采取相应的办法，要去找专业的医生来进行分析和判断。