沙眼的治疗包括急性期的抗炎治疗，以及慢性期的并发症治疗。在沙眼急性期，主要是要用局部抗生素类的眼药水进行局部点眼，这种抗生素类眼药水包括大环内酯类抗生素、四环素类眼药水，以及磺胺类眼药水等。
磺胺类眼药水最常见的主要是利福平眼药水，大环内酯类的最常见的是红霉素眼药膏。沙眼的治疗周期相对会比较长，需要8-12周，如果症状严重，可能还要口服抗生素，比如阿奇霉素进行治疗。
过了急性期，如果治疗非常及时，沙眼也不会有太多的并发症。但是如果到了慢性期、治疗不及时，沙眼可能就会出现比较多的并发症，比如内翻倒睫、上睑下垂，睑球粘连、慢性泪囊炎等。
对于上睑下垂、内翻倒睫，临床需要用相应的手术进行矫正；对于慢性泪囊炎，要通过鼻腔泪囊吻合术或者是微创手术，泪道探通加人工泪管植入术进行治疗。所以对于沙眼的治疗，要及时做到早期发现、早期诊断、正确治疗。
