女性附件区囊肿的治疗，最重要的是要明确囊肿的性质、来源，以及存在时间。针对附件囊肿相应的症状，而采取不同的治疗方法，具体如下：

1、严密随访，无需特殊治疗：比如附件区的囊肿有时可能是来源于卵巢，是在卵泡生长发育的过程中形成一过性囊肿，有时可能是在怀孕早期形成的卵巢黄体囊肿。通常针对于此类囊肿，可能患者没有任何临床症状，过一段时间再去观察可能消失，且再复查时，超声影像学下曾经有过的附件区囊肿的痕迹也完全消失。所以针对此类囊肿，可能并不需要给予特殊治疗，但也应严密随访；

2、抗生素治疗：可能是由于输卵管的原因，比如输卵管积水或慢性盆腔炎性疾病，出现盆腔粘连，而导致粘连的包裹性积液。有时可能是此类炎症，在急性期时出现输卵管卵巢部位的脓肿，针对于上述一系列炎症所导致的疾病，有时需要应用抗生素进行治疗；

3、手术治疗：有时应用抗生素治疗效果欠佳，必要时需采取手术引流，甚至是需要进行粘连分离手术。还有部分患者的囊肿可能是来源于卵巢的肿瘤，比如卵巢浆液性囊腺瘤、卵巢黏液性囊腺瘤，甚至可能是输卵管、卵巢来源的恶性肿瘤。针对上述病理性的存在，具有手术探查指征，应当予以手术治疗。还有部分可能是属于盆腔的子宫内膜异位症，比如属于盆腔或卵巢的子宫内膜异位症、畸胎瘤等，针对于此类的盆腔的子宫内膜异位症通常也建议手术。除外恶性肿瘤后，还会需要辅以药物进行治疗；而对于畸胎瘤等肿瘤，也是有手术探查指证，需要除外恶性的肿瘤，然后才能够给予进一步治疗；

4、必要时配合辅助治疗：明确来源以及病理分型后，有时甚至还会在术后加上辅助性的治疗，比如化疗等。

由此可见附件囊肿的原因多种多样、来源多种多样、性质多种多样，所以需要具体情况具体分析，制定针对性治疗方案。