小儿根尖囊肿无明显疼痛症状，仅在小儿根尖囊肿发生前会有牙齿疼痛等牙髓炎症状，如冷热刺激疼，有龋损变化。当发生根尖囊肿时，反而无明显症状。多数小儿因牙龈肿胀、牙龈有红肿，甚至流脓到医院就诊，这种情况多由龋损引起。

小儿根尖囊肿治疗需做炎症去除、根管治疗，一般不进行刮除。因为小儿根尖囊肿病变下面是恒牙胚，如果进行刮除易损伤恒牙胚，所以存在恒牙情况下不进行根尖刮除。