针对急性扁桃体炎的感染因素进行适当治疗，控制感染之后自然就会退热。急性化脓性扁桃体炎通常是细菌感染导致，如链球菌，可使用青霉素类的药物，进行抗感染治疗，如口服阿莫西林。
如果药物治疗有效，一般使用3天就可以明显缓解咽痛和发热。如果用药3天，症状不缓解反而持续加重，说明药物效果不好，必须更换更高级别的抗生素，从而更好地控制感染，尽快地缓解咽痛和发热等症状。
另外，急性扁桃体炎还包括急性非化脓性扁桃体炎症，通常与病毒感染有关系，有可能会发热。但发热3天左右可自愈，所有症状会在1周左右逐渐缓解和自愈，不需要药物治疗。
抗生素治疗对于病毒感染导致的咽炎和扁桃体炎，也没有确切疗效，所以不建议使用抗生素治疗此类咽炎和扁桃体炎。
