后脑勺下面痛可能是由于枕大神经痛造成的，按压枕大神经出口处，会有明显的压痛，在免疫力低、吹冷风、疲劳的时候容易发生，经过睡眠休息能够好转，甚至有一些患者，不需要用药，也能明显地自行缓解。
部分颈源性头痛患者，也可以出现后脑勺下面的疼痛。这种疼痛通常是固定在某一侧，和颈椎的活动是密切相关的，可能还会出现脸框部的牵扯痛。
还有一些患者，可能是由于颅内疾病造成的，如颅内肿瘤，像淋巴瘤、胶质瘤，以及一些脑转移瘤等，或者是一些中枢性血管炎、代谢性脑病、一氧化碳中毒、迟发性脑病，以及脑出血、中枢性血管炎，或者是蛛网膜下腔出血等，这些颅内的疾病也可以出现后脑勺下面疼痛的情况。
