超声胃镜首先检查的一类病就是胃肠以及食道的隆起性病变，常见的有来源于基层的间质瘤、平滑肌瘤；来源于黏膜下层的囊肿；异位胰腺；来源于黏膜层的癌肿或者息肉等隆起性病变。其次还可以应用于胆胰系统的疾病，比如胆总管下段的结石、胆总管下段的癌、胰腺的胰岛细胞瘤、胰腺癌等胰腺的各种肿瘤，以及十二指肠乳头的腺瘤、十二指肠乳头癌等都可以通过超声胃镜来进行诊断。部分没有办法确诊的病变，可以通过超声胃镜来进行活检确诊。

还有部分肿瘤或者复发的淋巴结，在多次治疗之后，比如手术或者消融之后复发，比如肝尾状叶的肿瘤、腹膜后的淋巴结以及肝门区的肿瘤，这时都可以用超声胃镜引导下消融治疗。对于晚期癌肿的病人，比如晚期胰腺癌会侵犯腹膜后的神经，病人会出现顽固持久性的疼痛。这时可以用超声胃镜来引导进行腹腔神经节的阻滞，可以缓解患者的疼痛。另外，还有超声胃镜引导下的胰腺假性囊肿引流等。