怀孕39天，可以做人工流产手术，也可以做药物流产。人工流产手术，一般是针对停经天数在70天以内，也就是妊娠10周以内的妊娠。而药物流产，则一般是针对停经天数，在49天以内，也就是7周以内的早期妊娠。所以，怀孕39天的孕妇，做人工流产手术和药物流产都是可以的。
但是不管做人工流产，还是做药物流产，都要进行手术前的评估。对于人工流产手术来说，首先要在超声检查下，看到宫内的妊娠囊，另外要进行全面的检查，包括抽血化验，因为人工流产手术，现在大多数都采取无痛人流，也就是要进行静脉的全身麻醉，要进行充分的评估，才能给予静脉麻醉，否则会增加手术的风险。而对于药物流产，一定要提前评估病人，是否有相关药物的过敏史，或者是禁忌证，比如原来患有肝脏，或者肾脏疾病的病人，是不能进行药物流产的。另外，患有青光眼、哮喘、前列腺素药物禁忌证的病人，也是不能进行药物流产的。
所以，是选择药物流产，还是人工流产，需要由医生来进行评估。
