膈下脓肿切开引流术的并发症主要有出血、切口感染、引流不畅以及延迟愈合等，建议由经验丰富的医生进行手术操作，有助于降低并发症的发生率。
1.出血：属于常见的并发症，脓肿壁渗血不应盲目止血，可以凡土林纱布条填塞压迫以达到止血目的。
2.切口感染：脓肿腔处理不彻底可导致切口感染，出现疼痛红肿甚至炎症扩散，因此分离脓腔时需要避免损伤已形成屏障的其他各间隙脓腔壁，以减少感染扩散的可能。出现后应局部引流调整，外加全身敏感抗生素使用。
3.引流不畅：脓肿切开引流后局部及全身症状无明显缓解，多是脓液引流不畅或另有脓肿未能引流，应探明原因以补救。
4.延迟愈合：创面越大，愈合越慢，污染的概率越大。应保持创面清洁，根据脓液培养及药敏试验结果合理应用抗生素，促进创面生长，保证创面自基底部开始愈合，防止假性愈合而脓肿复发。
