引起特发性含铁血黄素沉着症的病因未明，目前有多种假说，可能与肺泡上皮细胞发育和功能异常、肺弹力纤维异常、牛乳过敏、遗传因素、免疫因素等有关。
1.肺泡上皮细胞发育和功能异常：因肺泡毛细血管稳定性破坏而引起反复出血，但导致该现象的具体病因尚不明确。
2.肺弹力纤维异常：有观点认为肺部弹力纤维存在异常的酸性粘多糖，可使血管壁削弱并扩张，进而容易诱发出血。
3.牛乳过敏：部分患儿体内有某种可对牛奶抗原产生反应的物质，且停用牛奶后临床症状即消失，因此可能与牛乳过敏有关。
4.遗传因素：部分患者可因父母系近亲婚配而发病，或同胞兄弟、双胞胎共同发病，故认为与遗传因素有关，但无基因证实。
5.免疫因素：许多学者认为本病与免疫有关。因为患者血清IgG、IgA、IgM均增高，部分嗜酸性粒细胞增高、肺内肥大细胞集聚。抗核抗体，冷球蛋白抗体可为阳性。加上部分患者经肾上腺皮质激素、免疫抑制剂或血浆置换治疗后有明显的效果，因此认为本病与免疫功能异常有关。
