间质性肺疾病要与肺门淋巴结结核、淋巴瘤、肺门转移性肿瘤、其他肉芽肿病相鉴别。
1、肺门淋巴结结核：病人较年轻，可见于儿童，结核菌素试验多呈阳性，影像学检查可以发现肺门淋巴结肿大，有时伴钙化，同时肺内可见原发病灶，常有原发综合征的表现。CT可见淋巴结中心区有坏死。而间质性肺疾病为全肺弥漫性变化。
2、淋巴瘤：患者多有发热、消瘦、贫血、胸腔积液等症状。影像学检查常能发现纵隔淋巴结肿大、融合。结合其他检查及活组织检查可作鉴别。
3、肺门转移性肿瘤：肺癌和肺外肿瘤转移至肺门淋巴结，可出现全身消瘦、咯血等症状，间质性肺疾病最主要的临床表现是呼吸困难、咳嗽，全身症状较少。
4、其他肉芽肿病：过敏性肺炎、铍肺、硅沉着病以及感染性、化学性因素所致的肉芽肿，结合患者的既往接触史有助于与间质性肺疾病进行鉴别。
