颅内钙化灶是否会引起头痛需要根据原因进行判断，比如生理原因引起的，可能不会头痛，但甲状腺功能减退症、脑寄生虫病、脑炎、一氧化碳中毒迟发性脑病等疾病因素，也可能会引起头痛。

1、生理原因：比如苍白球部位的钙化灶，苍白球是大脑中的正常结构，属于基底节区丘脑的组成部分。出现钙化灶通常与衰老、新陈代谢衰弱等情况有关，导致双侧苍白球局部出现钙质沉积，通常属于生理现象，不会表现出明显的临床症状，并且不会影响到其他身体功能，往往是进行头颅CT或者是磁共振时偶然发现，无需进行特殊治疗。

2、甲状腺功能减退症：由于机体代谢异常，可能会引起双侧苍白球出现钙化灶。甲状腺功能减退症主要是因为甲状腺激素合成不足、分泌减少或者生理效应不足所导致，患者可能会出现黏液性水肿、反应迟钝、心率减慢、行动迟缓等症状，一般不会出现头痛情况，此时可以在医生建议下使用左甲状腺素钠片，存在感染时，还可能需要遵医嘱使用阿奇霉素片、甲硝唑片等药物治疗。

3、脑寄生虫病：可发生于任何年龄，多为外来感染，寄生虫感染了人的脑部，导致患者出现脑损害或炎症性反应，最常见的症状是头痛。由于脑组织损伤，疾病治疗之后，脑组织在修复过程中就可以出现钙质沉积，进而造成部分脑组织钙化，从而导致钙化灶的出现。此时需要在医生指导下使用甲苯咪唑片、阿苯达唑片等药物进行治疗。

4、脑炎：由于脑部存在炎症，会导致钙磷代谢异常，可能会引起钙离子异常沉积，如果钙离子随血液运输至脑部，会造成颅内钙化灶，如果脑炎不及时治疗，则会导致头痛、头昏等症状。对于脑炎疾病，建议听从医生指导，使用阿昔洛韦片、注射用头孢西丁钠、甘油氯化钠注射液等药物治疗。

5、一氧化碳中毒迟发性脑病：指重度急性一氧化碳中毒患者经治疗神志清醒后，经过一段时间突然发生脑功能障碍，患者除了会出现头痛外，还会出现计算力、定向力、记忆力差，反应迟钝等情况，由于脑部代谢异常，会出现基底节区钙化灶。

患者可以遵照医嘱用血管扩张药物，如硝苯地平片、盐酸贝那普利片等，增加脑血流量，改善脑血液循环，同时用抑制血小板聚集的药物，如硫酸氢氯吡格雷片、双嘧达莫片等，预防和减轻血栓形成。

除上述原因外，铅中毒、脑梗死、脑部肿瘤等疾病，也可能会诱发颅内钙化灶。疾病具体是否会出现头痛需根据病情判断，建议患者积极前往医院就诊治疗。