孕酮低的原因有很多种，首先需要看为什么去进行孕酮的检测，比如对于那些月经失调的女性来讲，需要检测自己是否有正常的排卵，可以选择在月经之前一周进行孕激素水平的测定。如果孕激素的水平测定显示呈现黄体期的改变，就提示是有正常排卵的。如果这个指标明确的很低，处于早卵泡期的水平，这时候就说明它是没有排卵的，也说明它出现了排卵的障碍，才会导致孕酮低。
另外，也可以用来评价黄体功能，如果在月经前一周黄体功能最为旺盛的时期，黄体期的时候血清孕酮水平低于生理值，则提示黄体功能不足。在月经来潮之后4-5天进行血清的孕酮检测，如果仍然高于正常生理水平，则提示黄体萎缩不全。这是指那些尽管有正常排卵，但是排卵之后，卵巢后形成的黄体出现黄体功能不足，或者出现黄体萎缩不全才导致的月经出现了紊乱。
对于妊娠状态的患者来讲，如果经过孕酮的检测，发现血清的孕酮水平还是比较低，也需要考虑是否有异位妊娠的可能。最后，还需要考虑与正常的妊娠，比如先兆流产，或者在怀孕期进行胎盘功能检测的时候，发现了孕酮水平低，则提示早期流产的风险会比较高，或胎盘功能已经出现了逐渐减退。由此可见，能够导致孕酮低的原因是特别多的，具体情况还是需要每个人进行具体分析才可以确定。
