在输卵管妊娠早期，尚未发生流产或破裂时，常无特殊的临床表现，其过程与早孕或先兆流产相似，典型的症状为停经、腹痛与阴道流血。停经多有6-8周的停经史，但输卵管间质部妊娠停经时间较长，还有20%-30%患者无停经史，把异位妊娠的不规则阴道流血误认为月经，或由于月经过期仅数日，而不认为是停经。
腹痛是输卵管妊娠患者的主要症状，占95%。输卵管妊娠发生流产或破裂之前，由于胚胎在输卵管内逐渐增大，常表现为一侧下腹部隐痛或酸胀感。当发生输卵管妊娠流产或破裂时，突感一侧下腹部撕裂样疼痛，常伴有恶心、呕吐，阴道流血占60%-80%，胚胎死亡后常有不规则阴道流血，血色暗红褐或深褐、量少，呈点滴状，一般不超过月经量。少数患者阴道流血较多，类似于月经。还有的患者由于腹腔内的失血会出现昏厥与休克，这是由于腹腔内出血及剧烈腹痛，轻者会出现昏厥，严重者出现失血性休克，出血量越多、越快，症状出现越迅速、越严重，但与阴道流血量不成正比。