子宫内膜异位症的治疗，可以采用药物和手术治疗的办法，其中手术治疗又包括保守性手术和根治性手术，迄今为止除根治性手术以外，没有一种理想的根治方法，无论是药物治疗，或保守性的手术治疗，都有比较高的复发率。因此，在进行子宫内膜异位症治疗的时候，应根据患者的年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。
症状轻或者无症状的轻微病变，选择期待治疗，有生育要求的轻度患者，明确诊断以后先行药物治疗，病情重者可以行保留生育功能的手术。年轻无生育要求的重症患者，可以行保留卵巢功能的手术，并辅以药物进行治疗，症状以及病变均严重的无生育要求者，可以行根治性手术治疗。
对于期待治疗，一般需要对患者进行定期随访，并对症处理病变引起的轻微经期腹痛，应用非甾体类药物治疗病变所引起的痛经和腹痛等症状，这些适合轻度的子宫内膜异位，并且没有严重的患者。如果在期待治疗期间出现病情的进一步发展。对于年轻有生育要求者，不用或者特殊情况下慎用药物进行治疗。药物治疗主要是对症治疗和激素的抑制治疗，对症治疗主要是采用非甾体类抗炎药物，缓解盆腔疼痛以及痛经，不能够阻止病情的发展。激素治疗主要是造成体内的低雌激素环境，使患者形成假孕、假绝经，或者药物性的卵巢切除状态，导致异位的内膜组织萎缩、退化、坏死从而达到治疗的目的，具体包括短效口服避孕药、孕激素、促性腺激素释放激素的激动剂，以及达那唑、孕三烯酮、米非司酮等等。手术治疗则包括根治性手术和保守性手术，具体需要根据具体情况来进行选择。
