对于肛瘘的治疗，必须手术，手术的时期越早越好，尽量不要拖延。
肛瘘是一种肛周慢性感染，往往有一个早期的肛周脓肿病史，脓肿经过引流以后，脓液被清除以后，就形成肛瘘。典型的肛瘘，肛门外面有一个瘘口，肛门里有一个瘘口，两个瘘口之间有一个隐性的管状结构，这种管状结构就是一种慢性感染。
有些患者觉得肛瘘也没有什么症状，可能不影响工作生活，延长了治疗时机，往往可能会影响到治疗的手术效果。肛瘘的手术治疗，治愈率在肛肠疾病当中比较低，复发率大概在30%，原因可能是反复的急性发作引起的侧支、侧管形成。
在手术当中，对于侧管可能会漏掉，没有完全处理肛瘘的侧管，是肛瘘手术复发的一个主要因素。因此，强烈建议一旦确诊肛瘘，尽快手术。
