杀灭幽门螺杆菌需要14天，足疗程的治疗才可能使幽门螺杆菌根除。由于幽门螺杆菌对许多药均有耐药性，因此目前临床上常用四联疗法，即四种药同时使用，包括两种抗生素以及质子泵抑制剂和铋剂。抗生素可以在阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、四环素、喹诺酮类药物、呋喃唑酮中选择两种。其中由于阿莫西林对幽门螺杆菌的耐药率较小，所以首选阿莫西林，如果对于阿莫西林，即青霉素过敏的情况下，则可以替换为四环素。
质子泵抑制剂可以在奥美拉唑、艾司奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑等药物中选择一种，而铋剂常选用胶体果胶铋或丽珠得乐。目前四联疗法推荐的疗程是10-14天，如果没有严重的不适感，需要坚持服药14天，足疗程的治疗才能有效地根除幽门螺杆菌、一旦进行幽门螺杆菌的根除，需在医生指导下规律、系统、足疗程治疗，否则会培养出新的耐药菌，使病情加重。
