经皮肾镜手术如果顺利，手术后3-4天即可出院。经皮肾镜手术对肾脏有一定创伤，虽然腰部刀口较小，但需要通过刀口伸入肾镜到肾脏里，穿过肾脏实质到达肾脏肾盂，看到后再将结石打碎。手术一般出血较少、创伤较小，但有小部分患者手术中误触肾脏大血管而导致出血，如果某些患者肾脏本身凝血功能异常也容易出血。
因此建议术后让患者卧床休息1-2天，情况较稳定后再逐渐下床活动。如果活动无异常，可以考虑拔除肾脏造瘘管或带肾脏造瘘管出院。因为某些结石较大，一次可能很难完全处理，需要多次经皮肾镜手术，这时需要患者带肾脏造瘘管回家，下次再做Ⅱ期、Ⅲ期手术处理。如果结石清除比较彻底，可以在医院里将肾脏造瘘管直接拔除，肾脏刀口较快可以愈合。
