无痛胃肠镜不同时进行，但可以在半日之内做完检查。胃镜从口腔进入，肠镜从肛门进入。因此，进行胃镜和肠镜检查时，时间必有先后之分。如先做胃镜，或者先做肠镜。做完胃镜或者肠镜检查后，再做另外一种检查。

但是在此过程中，要根据各家医院的要求而定。部分医院早上只做胃镜检查，下午只做肠镜检查，此类医院则不可能同时做胃肠镜检查。