通常肠镜均是指大肠镜，大肠镜从肛门进入。小肠镜有一部分是从肛门进入，有一部分是从口腔进入。从肛门进入的过程中是逆向走行，正向走行是从胃到小肠到大肠。

检查过程中要求每个袢均仔细观察，而且退镜时间必须＞6-8分钟，＜6-8分钟通常认为容易漏诊。尤其是小息肉，可能是癌前病变，以后会变成结肠癌。因此，发现结肠息肉时建议尽量切除。