肾积水病人在夜间痛得厉害是由于肾积水最常由输尿管梗阻引起，输尿管梗阻最常见于输尿管结石或输尿管狭窄。单纯输尿管狭窄引起的肾积水通常会伴有肾区胀痛或酸痛症状，即使在晚上也不会出现明显的疼痛症状，但合并输尿管结石时，在夜间平卧后由于结石位置改动导致输尿管上段痉挛，引起剧烈的肾绞痛，出现剧烈的腰痛症状，且在夜间发作频繁。

单纯肾积水病人在平卧后会导致大量尿液回流到肾脏中，导致肾脏局部压力增高，严重时易导致尿外渗，当尿液外渗到肾周包膜时会刺激肾包膜，引起肾区剧烈疼痛、局部发热症状。在夜晚平卧后还由于大量回心血液增加导致肾小球滤过率增加、原尿生成增加、肾积水加重，夜间肾积水引起的肾区胀痛明显加剧。