明目地黄丸和六味地黄丸存在区别，主要体现在药物组成和药物的功效，具体区别如下：

1、药物组成：六味地黄丸由熟地、山药、山茱萸、茯苓、丹皮、泽泻6味药组成，而明目地黄丸是在六味地黄丸的6味药的基础上，又加入了枸杞子、菊花、当归、白芍、石蒺藜、石决明，即明目地黄丸有12味药，比六味地黄丸多了6味药；

2、药物功效：两个药都具有滋补肝肾的作用，但六味地黄丸仅单纯用于治疗肝肾阴虚所出现的症状，比如口干舌燥、腰膝酸软、五心烦热、潮热盗汗，舌头上没有舌苔或舌头上有很多裂纹、地图舌、舌苔剥脱等。明目地黄丸尽管具有滋补肝肾的作用，但在六味地黄丸所主治的肝肾阴虚的基础上，也加入视物模糊、双目干涩、畏光、迎风流泪等眼睛上的症状，所以称为明目地黄丸，是两者的区别。

所以明目地黄丸和六味地黄丸，在药物组成和药物的功效上存在区别。六味地黄丸治疗单纯的肝肾阴虚证，明目地黄丸除了治疗肝肾阴虚证的症状之外，还同时合并眼睛上的很多症状，如双目干涩、畏光、见风流泪等，也可以治疗。